1、按分離目的可分：實驗室凝膠滲透色譜儀和工業凝膠滲透色譜儀。

2、按功能可分：分析型凝膠滲透色譜儀和制備型凝膠滲透色譜儀。

3、凝膠滲透色譜儀按作用可分：凝膠滲透定量色譜儀和凝膠滲透定性色譜儀。

4、按產地可分：國產凝膠滲透色譜儀和進口凝膠滲透色譜儀。

5、按進樣自動性可分：自動進樣凝膠滲透色譜儀和手動進樣凝膠滲透色譜儀。

6、按分離規模可分：微型凝膠滲透色譜儀、小型凝膠滲透色譜儀和大型凝膠滲透色譜儀。

7、凝膠滲透色譜儀按用途可分：生物色譜儀、制藥色譜儀、化工色譜儀、食品色譜儀、蛋白質色譜儀、氨基酸色譜儀、糖類色譜儀、多肽色譜儀和核酸色譜儀等。