陰陽離子交換色譜柱主要由液相輸液泵帶示差檢測器組成主要單元，配好帶GPC的色譜工作站和聚合物基質的。色譜柱溫箱和在線脫氣機為選配單元，因為示差檢測器對氣泡比較敏感，對柱溫的要求比較高，因此在預算夠的情況下建議配置。待分析的樣品在色譜柱頂端注入流動相，流動相帶著樣品進入色譜柱，故流動相又稱為載氣。載氣在分析過程中是連續地以一定流速流過色譜柱的；而樣品則只是一次一次地注入，每注入一次得到一次分析結果。樣品在色譜柱中得以分離是基于熱力學性質的差異。固定相與樣品中的各組分具有不同的親合力。

　　在陰陽離子交換色譜柱污染再生無效或已知柱污染嚴重時，可以采用柱修補的方法解決，但柱污染深度不宜超過5 mm。方法是將特制小鏟將污染部分挖去，再用與柱填料相同的固定相與流動相混合制成漿狀，然后將漿狀固定相仔細補入被挖去的部分(盡量使后填補的固定相接近原裝的緊密程度)，修平端面即可。修好的柱子如果柱頭兩端的篩板的孔徑是一致的，可將柱子顛倒過來使用一般時間，目的是借助流動相沖洗作用，恢復柱床緊密程度。